В 1944 г. в Новосибирске началось строительство зданий Западно-Сибирского филиала АН СССР. 8 февраля 1944 г. Президиум Академии наук СССР утвердил состав Президиума и руководство филиала и институтов.

Комиссия Академии наук поставила вопрос об организации постоянного академического учреждения в Сибири — Западно-Сибирского филиала АН СССР. В марте 1943 года академики Л. Д. Шевяков и А. А. Скочинский поднимали вопрос об организации нового центра в Москве. Решение о его организации было принято 21 октября 1943 года СНК. В состав Западно-Сибирского филиала Академии наук СССР вошло четыре института: горно-геологический, химико-металлургический, транспортно-энергетический и медико-биологический. В мае 1944 года состоялась первая научная сессия Западно-Сибирского филиала АН СССР, на которой ученые Новосибирска отчитывались о работе нового научного центра Сибири за прошедшие месяцы.

За филиалом закрепилась территория в квартале 98—108 между Красным проспектом и ул. Мичурина, между улицами Фрунзе и Державина. Первый секретарь обкома партии М. В. Кулагин поручил в октябре 1944 года А. Д. Крячкову и архитектору Н. Г. Васильеву— руководителю организуемого аппарата Академстройпроекта, начать работы по реконструкции отданного филиалу одного из зданий. Это было здание типовой средней школы, построенной в 1937 году по ул. Фрунзе (привязка и «оформление» школьного здания были выполнены по проекту арх. Ф. Ф. Барицкого).

Перестройку и приспособление внутреннего пространства существующего здания для нужд филиала сделать было достаточно просто, так как коридорная система школы с выделением зала, вестибюля и лестниц в отдельный блок в центре корпуса (по оси симметрии) не противоречила новому функциональному назначению здания. Необходимо было изменить только положение внутренних некапитальных перегородок, чтобы дать нужный размер помещениям и произвести заново их отделку, решив особенно парадно вестибюль, лестницу и конференц-зал.

Решение же внешней композиции сооружения представляло нелегкую задачу, так как существующая система капитальных стен, членения основного объема здания, его фасада, выходящего на ул. Фрунзе, пропорции, этажность были уже предопределены. А. Д. Крячков должен был изменить будничную внешность здания на представительную, строгую и торжественную, которая бы выделила его из окружающей застройки и показала особое его назначение. Кроме того, реконструкцию здания надо было выполнить не нарушая научной работы филиала, коллектив которого уже работал здесь.
В основу реконструкции здания были положены традиционные для этого периода советского зодчества приемы и формы русского классицизма. Возрождение ордерных форм русского классицизма в стране, начатое в середине 30-х годов, достигло своего апогея в конце военного времени и первых послевоенных лет.

Организованный в 1943 году Государственный комитет по делам архитектуры направлял архитектурное творчество в едином русле, в духе архаичной стилизации и декоративизма. И эти ретроспективные тенденции были неотвратимы. «Социалистический реализм», провозглашенный в 1937 году на первом Всесоюзном съезде советских архитекторов, предопределил стремление использовать композиционные системы классицизма как в виде качественной стилизации, так и в виде откровенной эклектики.

При перестройке здания школы центральная часть фасада, имевшая неудачные пропорции, была реконструирована под портик с коринфскими колоннами (полупериптер) и с треугольным фронтоном, завершенным плоским куполом. По сторонам портика стены корпуса декоративно разработаны скромно. Автор хорошо использовал цветовые сочетания штукатурки (с мраморной крошкой в два оттенка песчаного цвета) с бело-серыми нишами и балюстрадами у окон второго этажа и барельефом в тимпане фронтона. Стены здания рустованы, а первый этаж, имеющий цоколь, трактуется сам как цокольный для двух верхних. Торцы здания украшены четырёхколонными портиками из пилястр в полудиаметр от тех же коринфских колонн, также вытянутых на три этажа. Ступенчатые аттики над этими портиками переходят на главный фасад и увенчивают собой узкие ризалиты, где расположены лестничные клетки по сторонам корпуса с эвакуационными выходами. Подобный прием разработки композиции торцов здания разрешает полноценно пластику фасадов и их целостность и единство масштаба. Рисунок ордера воспроизведён почти с археологической точностью от канонических образцов классицизма.

Скульптурные работы в поле (тимпане) фронтона и панно-барельеф над входом были выполнены по рисункам А. Д. Крячкова скульптором В. Ф. Штейн и мастером-скульптором И. С. Ковшовым.

В целом здание выполнено с большой профессиональной культурой. Это — одно из лучших зданий в Новосибирске с точки зрения использования и воспроизведения форм классицизма, применения ордера, его прорисовки в пропорциях и деталях. Образ здания перекликался с традиционными сооружениями старых русских научных учреждений Москвы, Петербурга, Киева. Например, такими, как Академия наук в Петербурге (Д. Кваренги), как здания университетов в Киеве, в Москве и т. п. А. Д. Крячков сам писал, что «в основу архитектуры реконструируемого здания положен русский (ленинградский) классицизм».  Строительство было окончено в 1947 г. Так появилось в Новосибирске  первое  здание  Академии    наук    СССР.

В 1946 году общественность Новосибирска торжественно отметила семидесятилетие со дня рождения А. Д. Крячкова — зодчего, ученого, педагога, первого профессионального архитектора-строителя Новосибирска— города, который вырос у него на глазах в крупный индустриальный, научный и культурный центр Сибири. Заслуги его в области архитектуры и строительства были высоко оценены: Указом Президиума Верховного Совета СССР он был награжден орденом Трудового Красного Знамени, ему было присвоено звание заслуженного деятеля науки и техники РСФСР.