Деревянный храм в с. Верх-Ирмень был построен в 1900 году трудами священника Феодора Сапфирова. При строительстве храма использовался план 31 из «Атласа планов и фасадов церквей, иконостасов к ним и часовен, одобренных для руководства при церковных постройках в селах».
Причта по штату: один священник и один псаломщик. В состав прихода Пророко-Ильинской церкви входили: с. Верх-Ирмень, Барнаульского уезда и деревни: Половинная, Поперечная, Плотникова и Панькина. В 1911 году храм посещало 4289 человек, а в 1914 году — 4878 человек.
В деревне Панькиной находилась часовня, принадлежавшая Пророко-Ильинскому храму.
В 1891 году в с. Верх-Ирмень была открыта церковно-приходская школа. В 1911 году в ней преподавали учительницы: Ф.Н.Россова и М.Ф. Сапфирова. В деревнях Панькиной и Плотниковой находились школы Министерства внутренних дел.
В разные годы в храме служили: священники: Феодор Сапфиров (с 1893 г.), Иоанн Салмин (1920-е), Александр Пономарев (с 1906 г.), Иоанн Панкрышев (с 1913 г.), Алексий Сапожников, Сергий Фемидов (1922 г.). Псаломщик Иоанн Лукин (с 1911 г.)
В октябре 1937 года церковь была закрыта. Купол и колокольню разобрали. Были сооружены дополнительные пристройки и к началу 1938 года в переоборудованном здании разместился клуб.
В 1998 году монахи Михаило-Архангельского монастыря с. Козиха начали работы по восстановлению храма, которые велись до 2001 года. Неоценимую помощь в восстановлении храма оказало АОЗТ «Ирменское». Сейчас храм является подворьем мужского монастыря во имя Михаила Архангела.