История библиотеки началась 17 декабря 1971 года, когда приказом Министерства сельского хозяйства СССР  был создан Сибирский филиал Центральной научной сельскохозяйственной библиотеки Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В.И. Ленина (ВАСХНИЛ).
В 1988 году ЦНСХБ СО ВАСХНИЛ переехала в новое специализированное здание. Проект этого здания (четырехэтажный корпус площадью около 10 тыс.м²  и объемом свыше 45 тыс. м³, соединенный переходной галереей с научно-исследовательскими учреждениями) был разработан еще в 1974 году по инициативе первого председателя и организатора Сибирского отделения ВАСХНИЛ академика И.И.Синягина.